Medix-palkinto 2007 monitieteelliselle tutkijaryhmälle

Geenien toiminnan säätely selvitetään tietokoneohjelman avulla

Helsingin Yliopiston kansleri Kari Raivio luovutti 20 000 euron
suuruisen Medix -palkinnon professori Jussi Taipaleen ja professori
Esko Ukkosen johtamille tutkimusryhmille Suomen Tiedeseuran
kuukausikokouksen yhteydessä. Palkinto luovutettiin tänä vuonna 20:nnen
kerran. Nyt palkitaan paras Suomessa biolääketieteen tai kliinisen
tutkimuksen alalta vuonna 2006 julkaistu artikkeli. Palkinnon
lahjoittaja on Oy Medix Ab, jonka pääomistaja on Minervasäätiö.

Geenien toiminta on tarkasti säädeltyä: geenit ilmenevät tietyissä
soluissa tarkkaan määrätyllä hetkellä. Tämän säätelyn logiikan
selvittäminen on biologinen peruskysymys, joka on vielä vailla
vastausta. Professori Jussi Taipaleen ja professori Esko Ukkosen johtama
monitieteellinen tutkijaryhmä on selvittänyt, miten DNA-sekvenssistä
voidaan tunnistaa geenien ilmentymistä sääteleviä alueita. Tutkimukseen
osallistui molekyylibiologeja, kehitysbiologeja ja
tietojenkäsittelytieteen tutkijoita Helsingin yliopistosta. Projektissa
mukana olleet tutkijat kuuluivat kolmeen Suomen Akatemian
huippuyksikköön: genomitiedon hyödyntämisen, datasta tietoon sekä
kehitysbiologian huippuyksikköön. Tutkimus julkaistiin tammikuussa 2006
arvovaltaisessa Cell -tiedelehdessä.

Jo vuodesta 1966 on tunnettu koodi, jolla DNA koodaa proteiinien
rakennuspalikoita, aminohappoja. Koodin perusteella on pystytty
tunnistamaan genomisesta DNA-sekvenssistä uusia geenejä ja ennustamaan
esimerkiksi ihmisen geenien kokonaismäärää. Tällaista koodaavaa
sekvenssiä on perimästämme kuitenkin vain noin yksi prosentti. Tarvitaan
uutta tietoa ja uutta ?kieliopin? tuntemusta, jotta voidaan selvittää,
mitä muita toimintoja ja tehtäviä on lopulla 99 prosentilla genomimme
DNA-sekvenssistä.

Professori Taipaleen tutkimusryhmässä on tutkittu sekvenssejä, jotka
säätelevät geenien ilmentymistä. Geenien toiminnan aktivoimiseksi
tarvitaan niin sanottuja transkriptiotekijöitä, jotka ovat DNA:han
sitoutuvia proteiineja. Taipaleen ryhmässä on tutkittu, millaisiin
sekvensseihin nämä transkriptiotekijät sitoutuvat. Biologit ja
tietojenkäsittelytieteen tutkijat kehittivät yhteistyössä
EEL-tietokoneohjelman (enhancer element locator), joka etsii genomisesta
DNA-sekvenssistä alueita, joihin sitoutuu paljon transkriptiotekijöitä
vierekkäin. Jos samoja transkriptiotekijöitä sitova DNA-alue löytyy
useilta eläinlajeilta, tämä alue toimii todennäköisesti geenien
ilmenemisen säätelyelementtinä.

Tutkijat osoittivat, että ennustetut säätelyalueet ohjaavat merkkigeenin
ilmentymistä siirtogeenisessä hiiressä, ja he pystyivät ennustamaan
säätelyelementtejä genominlaajuisesti useille eläinlajeille.

Tutkimuksessa olivat mukana Outi Hallikas ja Reetta Rautiainen 
professori Jussi Taipaleen tutkimusryhmästä Biomedicum Helsingistä,
Natalia Sinjushina dosentti Juha Partasen ryhmästä Biotekniikan
instituutista sekä Kimmo Palin professori Esko Ukkosen ryhmästä
Helsingin yliopiston tietojenkäsittelytieteen laitokselta. Tutkimusta
rahoittivat Suomen Akatemia, Euroopan unionin kuudennen puiteohjelman
hankkeet BioSapiens ja Regulatory Genomics, Magnus Ehrnroothin säätiö,
Biomedicum Helsinki, Helsingin yliopisto, Sigrid Juseliuksen säätiö ja
Syöpäsäätiö.

Palkinnon lahjoittaja on Oy Medix Ab, jonka omistavat Minervasäätiö,
Folkhälsanin Tutkimussäätiö ja Liv och Hälsa r.f.. Medix-yhtiöihin
kuuluvat johtava yksityinen kliininen keskuslaboratorio, Medix
Laboratoriot Oy, lääkäriasema Oy Femeda Ab sekä maailmanlaajuisesti
monoklonaalisia vasta-aineita ja diagnostisia testejä vievä Oy Medix
Biochemica Ab. Medix-palkinto biotieteitä varten on myönnetty vuodesta
1988 alkaen.

Palkinnon voittajan valitsi asiantuntijatoimikunta prof. Carl G.
Gahmberg (Helsingin yliopisto), prof. Mikko Hurme (Tampereen yliopisto),
prof. Juhani Jänne (Kuopion yliopisto), prof. Seppo Meri (Helsingin
yliopisto), prof. Vilho Myllylä (Oulun yliopisto) ja prof. Dan Lindholm
(Lääketieteellinen tutkimuslaitos Minerva).

Lisätietoja: Professori Jussi Taipale, puh (09) 1912 5556,
jussi.taipale@helsinki.fi sekä Kaj Lybeck, puh. (09) 525 6527,
kaj.lybeck@medix.fi.

Medix-palkinto on myönnetty Jussi Taipaleen koordinoimaan
tutkijaryhmään, jossa toimivat Outi Hallikas, Kimmo Palin, Natalia
Sinjushina, Reetta Rautiainen, Juha Partanen sekä Esko Ukkonen.


*********************
Tiedotteen välitti

Päivi Lehtinen
Meilahden kampuksen tiedottaja

Puh. 09 191 25495
GSM 050 406 2043
Sähköposti: paivi.m.lehtinen@helsinki.fi